V praxi bývá nejčastěji sporná otázka, zda daňový subjekt opravdu přijal deklarované plnění (např. zboží) od dodavatele uvedeného na faktuře, a dále okolností s touto otázkou související. Ze strany finančního úřadu tak bývá velmi často namítáno, že:
- zboží nikdy neexistovalo a jedná se tudíž o smyšlený obchod;
- zboží existovalo, avšak nebylo nakoupeno od dodavatele uvedeného na faktuře;
Co se rozložení důkazního břemene týče, tak správce daně vždy daňovým subjektům tvrdí, že jsou to oni, kdo musí prokázat všechny skutečnosti vztahující se k jejich daňovým přiznáním. Vznese-li pak správce daně v průběhu daňového řízení výše uvedené pochybnosti, má to být poplatník, kdo musí tyto svá tvrzení zcela hodnověrně dokázat. Uvedené se sice zakládá na pravdě, avšak správci daně již „pozapomínají“ neznalým daňovým subjektům sdělit, že jejich tvrzení se mají za prokázané okamžikem, kdy ti předloží na doložení svých tvrzení účetnictví. Ze zákona totiž předložením účetnictví vzniká důkazní břemeno správci daně, který je od této chvíle povinen prokazovat nesprávnost předloženého účetnictví. Nepodaří-li se mu to, mají se skutečnosti vyplývající z účetnictví za prokázané.
Tato skutečnost vyplývá z právní věty rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 30. 1. 2008, sp. zn. 2 Afs 24/2007, evidovaného pod č. 1572/2008 Sb. NSS.
„Daňový subjekt plní svoji povinnost důkazní ve vztahu k tvrzením, která správci daně předestře, prokáže-li tato tvrzení svým účetnictvím, ledaže správce daně prokáže [§ 31 odst. 8 písm. c) zákona č. 337/1992 Sb., o správě daní a poplatků], že ve vztahu k těmto tvrzením je účetnictví daňového subjektu nevěrohodné, neúplné, neprůkazné nebo nesprávné.“
Jelikož v této věci dosud nezasedl rozšířený senát Nejvyššího správního soudu, má tento rozsudek „nejvyšší sílu“ co se významnosti ve vztahu k jiným rozsudkům týče. V judikatuře Nejvyššího správního soudu se totiž můžeme setkat se zcela opačnými rozsudky a názory na důkazní břemeno daňového subjektu. Avšak narozdíl od jiných, tento nad ostatními z důvodu jeho publikace ve Sbírce rozhodnutí NSS vyniká a má tudíž větší argumentační sílu (o tomto více také zde).
Důsledkem pak je skutečnost, že předloží-li daňový subjekt své účetnictví, z kterého bude vyplývat, že zboží nakoupil od konkrétního dodavatele, což se pak odrazilo také v jeho daňovém přiznání, pak je to správce daně, kdo musí prokazovat, že se tomu tak nestalo. Teprve v případě, že se mu to podaří, a to ať už přímými či nepřímými důkazy, přesouvá se důkazní břemeno zpět na daňový subjekt. Daňový subjekt by pak byl povinen jinými důkazními prostředky, zejména důkazními prostředky mimo účetnictví, prokázat, že zboží opravdu nakoupil tak, jak deklaroval.